Das Tragwerk der Schiffstation Wien City basiert auf einer Stahlfachwerkstruktur mit der Gesamtlänge von ca. 120m. Die Auskragung der Konstruktion in Gebäudequerrichtung von bis zu der halben Gebäudebreite über den Donaukanal wird, unter anderen, über ein Querfachwerk am mittleren Lagerpunkt realisiert. Mittels drei Fachwerksebenen, das Mittelfachwerk wird raumhoch ausgeführt und verbindet dabei alle fünf Lagerpunkte, werden die maximalen Feldspannweiten von 41m überbrückt. Ein parapethohes durchlaufendes Fachwerk, kombiniert mit einem raumhohen Fachwerk landseitig und ein wasserseitiges raumhohes zweifeldriges Fachwerk komplettieren die Tragstruktur in Gebäudelängsrichtung. Quer zu den Fachwerksträgerebenen spannen Stahlverbundträger, deren Deckschicht eine Stahlbetonrippendecke aus Leichtbeton auf einer verlorenen Trapezblechschalung darstellt. Die Leichtbetonrippendecke bildet neben der Druckzone der Verbundträger auch die aussteifenden Scheiben der Gebäudestruktur. Sie ergeben, gemeinsam mit den vertikalen Fachwerken eine Röhrenstruktur, welche die Gesamtsteifigkeit des Gebäudes maßgeblich bestimmt. Das Tragwerk lastet auf fünf Punkten ab, davon zwei Ortbetonwandauflager, die eine Gebäudelängsverschieblichkeit ermöglichen und somit Zwängungen zufolge Temperaturdehnungen vermieden werden. Weiter gibt es drei Stahlstützengruppen, welche in Kombination mit den Stahlbetonfundierungen aufgelöste Scheiben bilden, die die Längs- und Queraussteifung des Gebäudes realisieren. Die Stahlbetonroste in Kombination mit vertikalen und geneigten Mirkropfählen, sowie dsv-Bodenverbesserungen bilden das Fundament der Gebäudesstruktur.

Um den Materialeinsatz der tragenden Elemente möglichst wirtschaftlich zu gestalten, und um zudem ein Maximum an Schlankheit zu erreichen ist es erforderlich eine möglichst leichte und leistungsfähige Werkstoffkombination zu wählen. Neben den tragenden Stahlbauteilen werden hierbei hohe Anforderungen an den Leichtbeton (gefordert lc 50/55, gemäß en 1992-1-1 und önorm b 1992-1-1) gestellt. Wesentliche Einflussparameter sind die Rohdichteklasse und die Druckfestigkeit, wobei die Zuschlagsauswahl so zu treffen ist, dass die Pumpbarkeit des Werkstoffes gewährleistet werden kann ohne die Festigkeit zu reduzieren. Weiter sind der verminderte E-Modul (im Vergleich zu Normalbeton), das Dämpfungsverhalten, der Brandschutz und nicht zuletzt der Bauablauf zuberücksichtigen. Die maßgeblich betongüten-bestimmenden statischen Nachweise waren hierbei die Sicherung der Verbundfugenkräfte im Bereich der Verbundquerträger, sowie der Stahlfachwerkgurte und die Querkrafttragfähigkeit der maximal 14cm dicken  (7,7cm trapezblechsickenhöhe und  ca. 6cm deckschicht) Leichtbetonrippendecke mit einer Spannweite von 4,05m. Im Rahmen dieses Projektes konnte erstmalig ein Leichtbeton dieser Festigkeitsklasse entwickelt werden, der alle Anforderungen der Tragwerksplanung und der bauausführenden Firmen erfüllen konnte.